Mas aku nanya dong..
Selama ini aku pake DNA 10-18 ng untuk PCR. Trus kan aku ekstraksi (beberapa sample fungi) tapi dapet low concentration DNA, dibawah 9 ng. Punya pengalaman ngga kl konsentrasi yang segitu hasil amplifikasinya gimana, sangat terpengaruh atau engga ya?
Tengkyuh yak!
Btw, sepi amat nih blog?
Tulisannya dirimu banget sih, telaten ngejelasin (makanya jadi dosen yak) hahaha..
Itulah fungsinya PCR, memperbanyak DNA yang low concentration menjadi High Concentration. Meskipun hanya satu untai atau satu copy DNA dalam reaksi PCR maka dapat teramplifikasi menjadi 1 juta Copy lebih yang semuanya tergantung pada Primer yang digunakan dan banyaknya cycle PCR yg digunakan. Meskipun digunakan sebanyak 100 ng DNA pun, tp primer tidak match, ya pastinya tidak ada amplikonnya. Atau cycle pcr yang terlalu sedikit, umumnya 28-35 siklus untuk mendapatkan amplikon yang cukup.
Tp masih banyak lagi hal yang perlu diperhatikan untuk suksesnya PCR, yg jelas kalau saya jelaskan di sini pasti sangat panjang (ya…. kira2 setara 2 SKS gitu, hehehe).
Semoga memuaskan, klo kurang puas, monggo di tanyakan lagi.
Hekekekekek. tidak memuaskaaaaaaaaaaan
He em, I know that principle.
What I asked you was have you ever experience such thing, and what’s the result (technical).
I have read such a discussion before, but then I decided to give it a try myself. So I put 3 ng DNA in a 5 ul volume reaction (instead of 10 vol.), and it was ok. I will also try series expt. of 5 and 10 ul concentration and volume, and will see the outcome.
Just curious with the result
Walah nooon, nooon. Kalo semuanya OK (DNA, reagents, primer and protocol), ya sudah pastilah ada hasilnya. yang pasti Input DNA menunjukkan Output DNA setelah PCR (menghiraukan yang ..is fine).
Kalau masalah pengalaman yang serupa (menggunakan 5 nano gram, mungkin tidak. Tapi perlu Non ketahui kalau nanogram tidak menjadi ukuran, tapi yang menjadi ukuran berapa basepair dna. Logikanya 5 ng dari 1 kbp dengan 5 nng dari 100 kbp dari DNA template, sudah pasti ampliconnya (ukurannya sama) pasti berbeda hasilnya.
Lha PCR khan berdasarkan copy number, bukan masalah nanogramnya. Lagi masalahnya, sekuat apakan cat DNA yang digunakan dapat mengecat DNA?, pengalaman menggunakan EtBr, pada 100 bp dengan berat 10 nano masih lemah bangat terdeteksi dengan UV.
Yach begitulah non. Semoga makin tidak Puaaaaasssss
Hihihihihi, tau ajah makin ngga puas.. (I need schooling, hahahha).
Sip sip, tengkyuh inponya mas! Really appreciate it.
Itu yang pake EtBr, dsni jelas kok (menyeringai jahil)
Tp EtBr ngga save mas, ganti Gel Red aja , toh hasilnya sama2 jernih dan sama2 bisa dipake 8-10x per dilution kok
(sharing ajah)
Nek pulang Indonesia bawain oleh oleeeeeeeeeh ^^
hihihihi (nodong)
Addy
Mas Adi!
Pantesan kayaknya aku kenal deh fotonya
Mas aku nanya dong..
Selama ini aku pake DNA 10-18 ng untuk PCR. Trus kan aku ekstraksi (beberapa sample fungi) tapi dapet low concentration DNA, dibawah 9 ng. Punya pengalaman ngga kl konsentrasi yang segitu hasil amplifikasinya gimana, sangat terpengaruh atau engga ya?
Tengkyuh yak!
Btw, sepi amat nih blog?
(makanya jadi dosen yak) hahaha..
Tulisannya dirimu banget sih, telaten ngejelasin
Itulah fungsinya PCR, memperbanyak DNA yang low concentration menjadi High Concentration. Meskipun hanya satu untai atau satu copy DNA dalam reaksi PCR maka dapat teramplifikasi menjadi 1 juta Copy lebih yang semuanya tergantung pada Primer yang digunakan dan banyaknya cycle PCR yg digunakan. Meskipun digunakan sebanyak 100 ng DNA pun, tp primer tidak match, ya pastinya tidak ada amplikonnya. Atau cycle pcr yang terlalu sedikit, umumnya 28-35 siklus untuk mendapatkan amplikon yang cukup.
Tp masih banyak lagi hal yang perlu diperhatikan untuk suksesnya PCR, yg jelas kalau saya jelaskan di sini pasti sangat panjang (ya…. kira2 setara 2 SKS gitu, hehehe).
Semoga memuaskan, klo kurang puas, monggo di tanyakan lagi.
Hekekekekek. tidak memuaskaaaaaaaaaaan
He em, I know that principle.
What I asked you was have you ever experience such thing, and what’s the result (technical).
I have read such a discussion before, but then I decided to give it a try myself. So I put 3 ng DNA in a 5 ul volume reaction (instead of 10 vol.), and it was ok. I will also try series expt. of 5 and 10 ul concentration and volume, and will see the outcome.
Just curious with the result
DNA, reagents, primer and PCR protocol is fine
Kapan balik Indonesia?
Walah nooon, nooon. Kalo semuanya OK (DNA, reagents, primer and protocol), ya sudah pastilah ada hasilnya. yang pasti Input DNA menunjukkan Output DNA setelah PCR (menghiraukan yang ..is fine).
Kalau masalah pengalaman yang serupa (menggunakan 5 nano gram, mungkin tidak. Tapi perlu Non ketahui kalau nanogram tidak menjadi ukuran, tapi yang menjadi ukuran berapa basepair dna. Logikanya 5 ng dari 1 kbp dengan 5 nng dari 100 kbp dari DNA template, sudah pasti ampliconnya (ukurannya sama) pasti berbeda hasilnya.
Lha PCR khan berdasarkan copy number, bukan masalah nanogramnya. Lagi masalahnya, sekuat apakan cat DNA yang digunakan dapat mengecat DNA?, pengalaman menggunakan EtBr, pada 100 bp dengan berat 10 nano masih lemah bangat terdeteksi dengan UV.
Yach begitulah non. Semoga makin tidak Puaaaaasssss
Hihihihihi, tau ajah makin ngga puas.. (I need schooling, hahahha).
Sip sip, tengkyuh inponya mas! Really appreciate it.
(menyeringai jahil)
, toh hasilnya sama2 jernih dan sama2 bisa dipake 8-10x per dilution kok 
Itu yang pake EtBr, dsni jelas kok
Tp EtBr ngga save mas, ganti Gel Red aja
(sharing ajah)
Nek pulang Indonesia bawain oleh oleeeeeeeeeh ^^
hihihihi (nodong)
Sukses selalu ya..walau aku nggak kenal secara langsung, tapi aku tau dikit dari kakak kamu Diana…
Terima kasih atas Do’anya. Anyway, ini Yati mana ya? perasaan kalo kenal kakakku, pastinya aku tau doong.